La comunidad de investigación global utiliza la plataforma de secuenciación genómica, que se ejecuta en Oracle Cloud Infrastructure (OCI), para descubrir y actuar sobre nuevas mutaciones de Coronavirus

La rápida propagación de la variante Delta, altamente infecciosa, subraya la necesidad de una identificación más rápida de las mutaciones de COVID-19. Al unir a los gobiernos y las comunidades médicas en este desafío, la Universidad de Oxford y el Sistema de Análisis Global de Patógenos de Oracle (GPAS, por sus siglas en inglés) está siendo utilizado por organizaciones en casi todos los continentes.

Entre las instituciones que utilizan la plataforma se encuentran: el Centro de Investigación del Centro Hospitalario de la Universidad de Montreal, el Instituto de Investigación en Salud Pública de Chile, la Unidad de Investigación Clínica de la Universidad de Oxford en Vietnam, el Instituto de Patología Clínica e Investigación Médica - Patología de Nueva Gales del Sur y Oxford Nanopore Tecnologies. GPAS ahora también es parte de la Plataforma de Evaluación de Nuevas Variantes de Salud Pública de Inglaterra.

El Sistema Global de Análisis de Patógenos se proporciona como un recurso gratuito para ayudar a combatir el COVID-19 y otras amenazas microbianas para la salud. 

Construido usando la plataforma Scalable Pathogen Pipeline Platform de Oxford (SP3) , Oracle APEX, y Oracle Cloud Infrastructure (OCI), el Sistema Global de Análisis de Patógenos es una plataforma en la nube que proporciona un sistema unificado y estandarizado para analizar y comparar los datos de la secuencia genómica anotada del SARS-CoV-2.

Los investigadores están utilizando el sistema para cargar datos de patógenos y recibir resultados completos en cuestión de minutos. Con el permiso del usuario, los resultados pueden compartirse con los laboratorios participantes de todo el mundo en un entorno seguro.

Hacer que estos datos sean comprensibles y compartibles ayudará a las autoridades de salud pública a evaluar y planificar su respuesta al brindarles información invaluable sobre las variantes emergentes incluso antes de que se designen oficialmente como Variantes preocupantes.

"GPAS es el primer servicio basado en estándares de la industria en cualquier parte del mundo, que ofrece un servicio estandarizado de análisis de datos de secuencia para usuarios en la nube", dijo Derrick Crook, profesor de microbiología en el Departamento de Medicina Nuffield de la Universidad de Oxford. “Los usuarios podrán acceder, cargar y procesar sus datos de secuencia, totalmente bajo su control soberano y recibir datos completamente analizados en tan solo 20 minutos desde que se cargan con éxito. Si optan por compartir datos, contribuirán a la visualización de datos globales en el tablero de mandos electrónicos que revelan los cambios diarios en la forma en que avanza la pandemia y cómo está cambiando el virus. Esto permitirá una evaluación continua de la pandemia y ayudará a orientar las intervenciones nacionales y mundiales para frenar el impacto del virus”.

"COVID-19 es una lucha global, sin embargo, los investigadores han carecido de la infraestructura técnica para procesar secuencias sin procesar de forma rápida, segura y compartir esos resultados en todo el mundo", dijo el presidente y CTO de Oracle, Larry Ellison. “Con GPAS, estamos brindando el poder y la seguridad de la nube para permitir que cualquier investigador, en cualquier lugar, se convierta en parte de la solución. Cuantos más datos proporcionen las instituciones médicas, los gobiernos y los académicos, más rápidamente podremos comprender y actuar para adelantarnos al coronavirus ".

Mediante el uso de la plataforma, los investigadores y los gobiernos podrán acceder rápidamente a los datos relevantes y oportunos que necesitan para realizar análisis científicos actualizados y tomar decisiones políticas y de seguridad mejor informadas con respecto a las nuevas variantes. Como parte de su trabajo con el Global Health Security Consortium (GHSC), el Lawrence J. Ellison Institute for Transformative Medicine (Ellison Institute) y el Tony Blair Institute (TBI) for Global Change han trabajado en coordinación con Oxford y Oracle para apoyar el desarrollo de la plataforma y ponerla en manos de investigadores globales.

"La falta de preparación del mundo para la pandemia de COVID-19 ha puesto de manifiesto nuestra necesidad de trabajar de manera diferente para identificar soluciones que sean pragmáticas y capaces de escalar frente a los desafíos", dijo el Dr. David B. Agus, miembro y director ejecutivo de GHSC., Instituto Ellison. "GPAS es un componente clave en la infraestructura de datos global para sistemas de alerta temprana y vigilancia global".